呼吸与呼吸危重症中心于1958年成立，早年名为肺科，2002年更名为呼吸科，分为一、二两个病区。2009年成立呼吸二科，2016年成立呼吸与呼吸危重症中心，再次更名为呼吸与呼吸危重症中心呼吸二科。历任科主任有何恩泉、李应珍、姜家豫、毕达义·杜来提、王元纯、黄学焕、黄亦芬、王在义。

呼吸二科现有普通床位33张，监护抢救床位3张，并设有睡眠监测室。除呼吸科专家门诊及普通门诊外，还开设哮喘门诊、戒烟门诊、鼾症门诊等专病门诊。

呼吸二科具有一支以医、教、研各方面人才组成的团队，现有医师10人，护理人员12人，技师2人。其中主任医师5人，副主任医师2人，主任护师1人，硕士生导师4人。

呼吸二科拥有一批热爱医疗事业、高素质、高水平的医护人员，积极发扬创新精神，结合新技术、新方法使呼吸内科近年的医疗水平不断提升。科室收治呼吸系统常见病、多发病及疑难杂症，尤其在诊治气道阻塞性疾病(如慢性阻塞性肺疾病、支气管哮喘)、肺部感染性疾病、肺部占位、肺心病、急慢性呼吸衰竭、睡眠障碍性疾病、肺栓塞等方面经验丰富。可开展胸腔穿刺术，CT或B超引导下经皮穿刺肺活检术，电子支气管镜检查，超声支气管镜检查，经支气管镜肺活检、灌洗、刷检术，气管镜下介入治疗，包括氩气刀、高频电刀、冷冻、圈套器等，同时还开展呼吸睡眠监测、呼吸压力滴定等诊断项目。

教师团队承担新疆医科大学本科生、研究生、留学生课堂教学及临床示教的教学工作，拥有多名优秀教师及教学能手。科研团队主持或参与国家级、自治区级课题30余项，发表SCl论文20余篇，中文核心期刊近100篇。